Una partitura può essere salvata ed esportata selezionando dal menù File → Salva come... in questi diversi formati:

Formato MuseScore compresso (*.mscz)

MSCZ è il formato standard dei file MuseScore ed è raccomandato per la maggior parte dei casi. Una partitura salvata in questo formato occupa poco spazio sul disco ma mantiene tutte le informazioni. Questo formato è la versione “zippata” del formato .mscx.

Formato MuseScore (*.mscx)

MSCX è la versione non compressa dei file MuseScore usata dalla versione 0.9.5 e successive. Una partitura salvata in questo formato non perde nessuna informazione ed è raccomandata se avete bisogno di modificare manualmente il file utilizzando un editor di testo. Le precedenti versioni di MuseScore usavano l'estensione MSC. Tuttavia l'estensione di file MSC presenta un conflitto di associazione nell'ambiente Windows ed è bloccato da alcuni provider di posta elettronica . La nuova estensione di file MSCX sostituisce la vecchia estensione MSC a causa di questi problemi.

MusicXML (*.xml)

MusicXML è lo standard universale per la rappresentazione delle partiture e può essere utilizzato dalla maggior parte dei programmi di notazione attualmente disponibili compresi Sibelius, Finale e più di altri 100 programmi. È il formato raccomandato per condividere le vostre partiture con gli altri programmi di notazione musicale.

MusicXML compresso (*.mxl)

Crea dei file più piccoli rispetto al formato MusicXML standard. Il formato MusicXML compresso è un nuovo standard e a tutt'oggi è meno supportato dagli altri programmi di notazione musicale.

MIDI (*.mid)

Musical Instrument Digital Interface (MIDI) è un formato largamente supportato dei sequencer e dai programmi di notazione musicale. Tuttavia i file MIDI sono progettati per il suono e non per la notazione e quindi non contengono, per esempio, informazioni riguardanti formattazione, alterazioni, voci, abbellimenti, articolazioni, ritornelli, tonalità e altri simboli. Per condividere i file con gli altri programmi di notazione musicale utilizzare MusicXML. Se si desidera solo ascoltare il suono è possibile utilizzare il formato MIDI

PDF (*.pdf)

Portable Document Format (PDF) è l'ideale per condividere con altre persone delle partiture che non devono essere modificate. La maggior parte degli utilizzatori di computer hanno già installato un programma per visualizzare i file PDF e quindi non devono installare ulteriori software per visualizzare le vostre partiture.

PostScript (*.ps)

PostScript (PS) è un linguaggio di descrizione della pagina molto diffuso.

PNG (*.png)

Portable Network Graphics (PNG) è un formato di immagine bitmap con un supporto nativo in tutti i maggiori sistemi operativi e nei programmi di manipolazione di immagini ed è popolare nel Web. A partire dalla versione 0.9.3 MuseScore può esportare le partiture utilizzando un file PNG per ogni pagina. Con questa funzione MuseScore crea delle immagini che contengono quello che appare nella pagina stampata. Se si vogliono creare delle immagini che contengano elementi visibili solo nelle schermate (come le cornici delle caselle, le note invisibili, le note colorate perché fuori estensione) selezionare Modifica → Preferenze... (Mac: MuseScore → Preferenze...), fare clic sulla scheda "Esportazione" e selezionare l'opzione "Funzione cattura schermo".

SVG (*.svg)

I file nel formato Scalable Vector Graphics (SVG) possono essere aperti da diversi browser (con l'eccezione di Explorer) e dalla maggior parte dei programmi di grafica vettoriale. Tuttavia la maggior parte di questi software non supporta i font di caratteri inclusi (embedded) per cui i font di MuseScore devono essere installati per visualizzare correttamente i file.

LilyPond (*.ly)

Il formato LilyPond è quello utilizzato dal programma di notazione Lilypond. Tuttavia l'esportazione in questo formato è sperimentale e incompleta nella versione corrente di MuseScore.

WAV Audio (*.wav)

WAV (Waveform Audio Format) è un formato audio non compresso sviluppato da Microsoft e IBM ma largamente supportato dai software per Windows, Mac OS e Linux. Questo è il formato ideale per la creazione di CD visto che non c'è perdita di qualità del suono. Tuttavia la grandezza di questi file li rende difficili da condividere via e-mail o tramite web. Questa opzione di esportazione file è disponibile a partire dalla versione 0.9.5 e successive.

FLAC Audio (*.flac)

Free Lossless Audio Codec (FLAC) è un formato audio compresso. I file FLAC sono grandi approssimativamente la metà dei file non compressi ma comunque di buona qualità. Windows e Mac OS non supportano direttamente il formato FLAC ma un lettore come per esempio VLC media player può riprodurre i file FLAC in ogni sistema operativo. Questa opzione di esportazione file è disponibile a partire dalla versione 0.9.5 e successive.

Ogg Vorbis (*.ogg)

Ogg Vorbis è un formato audio libero progettato per essere il sostituto del popolare MP3 (formato audio proprietario). Come gli MP3, i file Ogg Vorbis sono relativamente piccoli (spesso un decimo di un file audio non compresso) ma con una certa perdita della qualità del suono. Windows e Mac OS non supportano direttamente il formato Ogg Vorbis. Comunque software come VLC media player e Firefox 3.5 e versioni e successive possono riprodurre i file Ogg in ogni sistema operativo. Questa opzione di esportazione file è disponibile a partire dalla versione 0.9.5 e successive.