Partytura może być wyeksportowana do kilku różnych formatów poprzez Plik → Zapisz jako...:

Skompresowany format MuseScore (*.mscz)

MSCZ jest standardowym formatem pliku MuseScore, rekomendowanym większości użytkowników. Partytura zapisana w tym formacie nie traci żadnych informacji. Format ten jest skompresowaną przy użyciu ZIP-a wersją plików .msc.

Format MuseScore (*.mscx)

MSCX jest nieskompresowaną wersją formatu pliku MuseScore, używaną w wersji 0.9.5 i późniejszych. Partytura zapisana w tym formacie nie traci żadnej informacji i polecana jest w razie potrzeby ręcznego edytowania pliku przy użyciu edytora tekstu. Poprzednie wersje MuseScore używały plików o rozszerzeniu MSC. Rozszerzenie to kolidowało jednak z Microsoft Windows i było blokowane przez niektórych dostawców poczty elektronicznej. W związku z tymi problemami nowe rozszerzenie MSCX zajmuje miejsce starego rozszerzenia MSC.

MusicXML (*.xml)

MusicXML jest uniwersalnym standardem dla notacji muzycznej i może być używany przez większość dostępnych obecnie edytorów nutowych, tj. Sibelius, Finale i ponad 100 innych. Format ten polecany jest do przenoszenia muzyki pomiędzy różnymi edytorami nutowymi.

Skompresowany MusicXML (*.mxl)

Skompresowany MusicXML daje mniejsze pliki niż normalny MusicXML. Jest on nowszym standardem, w związku z tym nie jest na razie bardzo rozpowszechniony.

MIDI (*.mid)

Musical Instrument Digital Interface (MIDI) jest formatem szeroko stosowanym przez programy sekwencerowe i programy do edycji nut. Pliki MIDI są jednak zaprojektowane pod kątem odtwarzania, a nie układu partytury, tak więc nie zawierają one informacji o formatowaniu, nazwach dźwięków, prowadzeniu głosów, ozdobnikach, artykulacji, znakach repetycji, tonacji i wielu innych. Aby przenosić pliki pomiędzy różnymi edytorami nutowymi, używaj MusicXML. Jeśli zależy Ci tylko na odtwarzaniu, wtedy możesz używać MIDI.

PDF (*.pdf)

Przenośny Format Dokumentu (PDF) jest idealny do dzielenia się swoją muzyką z innymi, którzy nie muszą dokonywać jej edycji. Większość użytkowników komputerów posiada przeglądarki plików PDF, więc nie będą potrzebowali instalować żadnego dodatkowego oprogramowania, żeby móc ją przeglądać.

PostScript (*.ps)

PostScript (PS) jest popularnym językiem opisu strony, używanym przy drukowaniu.

PNG (*.png)

Przenośna Grafika Sieciowa (PNG) jest bitmapowym formatem obrazów, wspieranym przez większość systemów operacyjnych i przeglądarek grafiki, bardzo popularnym w sieci. Od wersji 0.9.3 partytury wielostronicowe są eksportowane do PNG, w postaci pojedynczego pliku dla każdej strony.

SVG (*.svg)

Skalowalna Grafika Wektorowa (SVG) może być otwierana przez większość przeglądarek internetowych (z wyjątkiem Internet Explorera) i większość programów dla grafiki wektorowej. Jednakże większość programów SVG nie obsługuje osadzonych czcionek, więc aby móc je poprawnie wyświetlić, należy zainstalować właściwe czcionki MuseScore.

LilyPond (*.ly)

Format LilyPond może być otwierany przez edytor nutowy LilyPond. Eksport do LilyPond jest jednak w obecnej wersji MuseScore niekompletny i na etapie eksperymentalnym.

WAV Audio (*.wav)

WAV (Waveform Audio Format) jest nieskompresowanym formatem dźwięku stworzonym przez Microsoft i IBM, stosowanym szeroko przez programy dla Windowsa, Maca i Linuksa. Jest to idealny format do stworzenia płyty CD, gdyż podczas zapisu danych nie traci się żadnych informacji. Pliki te są jednak dość duże, więc trudno je przesyłać e-mailem lub publikować w sieci. Opcja eksportu do WAV jest dostępna od wersji 0.9.5.

FLAC Audio (*.flac)

Free Lossless Audio Codec (FLAC) jest skompresowanym formatem audio. Pliki FLAC są mniej więcej dwa razy mniejsze od nieskompresowanego audio, lecz takiej samej jakości. Windows i Mac nie posiadają wbudowanej możliwości odtwarzania plików FLAC, lecz programy takie jak VLC media player potrafią je odtwarzać niezależnie od systemu operacyjnego. Opcja eksportu do FLAC jest dostępna od wersji 0.9.5.

Ogg Vorbis (*.ogg)

Ogg Vorbis jest w zamierzeniu wolnym od patentów zamiennikiem dla popularnego formatu MP3. Tak jak MP3, pliki Ogg Vorbis są stosunkowo małe (często jest to 1/10 nieskompresowanego pliku), lecz odbywa się to kosztem jakości. Windows i Mac OS nie wspierają Ogg Vorbis. Programy takie jak: VLC media player, Firefox 3.5 i późniejsze potrafią odtwarzać pliki Ogg na wszystkich systemach operacyjnych. Opcja eksportu do Ogg Vorbis jest dostępna od wersji 0.9.5.