Uma partitura pode ser exportada via Arquivo → Salvar como... para vários formatos:

Formato MuseScore compactado (*.mscz)

MSCZ é o formato de arquivo MuseScore padrão e recomendado para a maior parte dos usuários. Uma partitura salva nesse formato não perderá nenhuma informação. O formato é uma versão comprimida dos arquivos .msc.

Formato MuseScore (*.mscx)

MSCX é a versão descompactada do formato de arquivo MuseScore, usado nas versões 0.9.5 e posteriores. Uma partitura salva nesse formato não perderá nenhuma informação; além disso, ele é recomendado se você precisa editar manualmente o formato, usando um editor de texto. Versões anteriores do MuseScore usavam a extensão MSC. No entanto, o arquivo MSC entra em conflito no Microsoft Windows, e é bloqueado por alguns provedores de e-mail. A nova extensão, MSCX, substitui a extensão MSC devido aos problemas supracitados.

MusicXML (*.xml)

MusicXML é o padrão universal para partituras e pode ser usado na maioria dos editores de partitura disponíveis atualmente, incluindo Sibelius, Finale, e mais de uma centena de outros. É o formato recomendado para compartilhar sua partitura entre diferentes editores.

MusicXML compactado (*.mxl)

MusicXML compactado cria arquivos menores do que o MusicXML normal. MusicXML compactado é um padrão novo e não possui tanto suporte para os atuais editores de partitura.

MIDI (*.mid)

Musical Instrument Digital Interface (MIDI) é um formato amplamente suportado por sequenciadores e softwares de notação musical. No entanto, os arquivos MIDI são designados para playback, não para o layout de partituras, e portanto não não contêm informação sobre formatação, alterações de acidentes, vozes, ornamentos, articulações, repetições ou tonalidades, entre outros. Para compartilhar arquivos entre softwares de notação musical diferentes, use o formato MusicXML. Se tudo o que você quer é tocar o arquivo, use MIDI.

PDF (*.pdf)

Portable Document Format (PDF) é ideal para compartilhar sua partitura com quem não precisa editar a música. A maioria dos usuários já tem um leitor de PDF no computador, e portanto não precisam instalar nenhum programa extra para ver sua partitura.

PostScript (*.ps)

PostScript (PS) é uma popular linguagem de descrição de página usado em impressão.

PNG (*.png)

Portable Network Graphics (PNG) é um formato de imagem bitmap com suporte nativo na maioria dos sistema operacionais e softwares de imagem, além da web. A partir da versão 0.9.3, partituras com várias páginas exportam um arquivo PNG para cada página.

SVG (*.svg)

Scalable Vector Graphics (SVG) pode ser aberto pela maioria dos navegadores da internet (espera-se Internet Explorer) e pela maioria dos softwares gráficos. No entanto, a maior parte dos softwares SVG não dá suporte a fontes inseridas; devido a isso, as fontes MuseScore apropriadas precisam ser instaladas para ver esses arquivos corretamente

LilyPond (*.ly)

O formato LilyPond pode ser aberto pelo editor de partituras Lilypond. Entretanto, exportar para LilyPond é incompleto e ainda está em fase experimental nas versões atuais do MuseScore.

Áudio WAV (*.wav)

WAV (Waveform Audio Format) é um formato de som sem compressão, desenvolvido pela Microsoft e pela IBM, mas vastamente suportado nos software para Windows, Mac OS e Linux. Esse formato é ideal para se criar CDs, já que a qualidade de som não é perdida quando se salva o arquivo. No entanto, os arquivos normalmente grandes tornam difícil o compartilhamento via e-mail ou pela web. Essa opção de exportar está disponível nas versões 0.9.5 e posteriores.

Áudio FLAC (*.flac)

Free Lossless Audio Codec (FLAC) é um formato de áudio comprimido. Os arquivos FLAC têm aproximadamente metade do tamanho dos arquivos de áudio sem compressão, mantendo praticamente a mesma qualidade. O Windows e o Mac OS não têm suporte nativo para o FLAC, mas softwares como o VLC media player podem tocar arquivos FLAC em qualquer sistema operacional. Essa opção de exportar está disponível a partir da versão 0.9.5.

Ogg Vorbis (*.ogg)

O Ogg Vorbis é pensado como uma substituição de patente livre para o popular formato de áudio MP3. Como no MP3, os arquivos Ogg Vorbis são relativamente pequenos (em geral um décimo do áudio sem compressão) mas uma parte da qualidade é perdida. O Windows e o Mac OS não possuem suporte nativo ao Ogg Vorbis. No entanto, softwares como o VLC media player e o Firefox 3.5 ou posterior podem tocar arquivos Ogg em qualquer sistema operacional. Exportar com essa opção está disponível a partir da versão 0.9.5.