Même si tous les membres de l'équipe de développement font de leur mieux pour rendre le logiciel facile à utiliser et sans bug, MuseScore 2.0 comporte quand même quelques limitations connues.
La fonction d'indications de mesure locales, qui vous permet d'avoir des indications de mesure différentes dans différentes portées au même temps, est très limitée. Vous pouvez seulement ajouter une indication de mesure locale dans des mesures vides, et uniquement si elles ne comportent pas de parties liées. Lors de l'ajout des notes dans des mesures comportant des indications de mesure locales, vous pouvez entrer les notes normalement via le mode de Saisie des notes, mais le copier/coller ne fonctionne pas correctement et peut engendrer des corruptions voire un crash. Les commandes Joindre les mesures et Scinder la mesure sont désactivées pour les mesures comportant une indication de mesure locale.
La commande Mise en page → Regrouper les rythmes pourrait avoir des effets inattendus, notamment :
Ne l'utilisez qu'avec précaution et sur une sélection limitée, de telle façon que vous puissiez visualiser rapidement une éventuelle perversion.
Avec les portées tablature et standard liées, si plusieurs accords sont entrés dans la portée standard, chaque accord doit être saisi de haut en bas, sinon les cases assignées automatiquement note par note dans la portée tablature risquent de ne pas correspondre.
À noter que cela ne s'applique pas à des notes saisies directement dans la portée tablature ni à des notes saisies dans une portée standard non liée à une tablature : dans les deux cas l'ordre de saisie est indifférent.
Dans le mélangeur, changer les valeurs autres que le son (par le sélecteur d'instruments), n'affecte pas définitivement la partition, dans le sens où si vous fermez la partition, vous n'aurez pas l'avertissement Enregistrer les modifications de la partition avant de fermer ? De plus, La commande Édition → Annuler (Ctrl+Z) ne fonctionne pas pour les valeurs changées dans le mélangeur.
Il n’est pas possible d'éditer en WYSIWYG l'en-tête et le pied de page. Les champs dans Style → Général → En-tête, Pied de page, Nombres, sont en texte brut. Ils peuvent contenir une syntaxe proche du HTML, mais le style de texte, la mise en page, etc, ne peuvent être édités avec un éditeur WYSIWYG.