Benchè tutti i membri del team di sviluppo abbiano fatto del loro meglio per rendere il software facile da usare e privo di bug, ci sono alcuni problemi e limitazioni note di MuseScore 2.0.
'Salva selezione ...' è attualmente piuttosto limitata: Se la selezione non contiene una chiave, tempo e tonalità, la partitura sarà salvata in chiave di violino, unità di tempo 4/4, e tonalità di Do maggiore, anche se tutte le altezze delle note sono salvate, aggiunte le necessarie alterazioni e mantenute anche le misure irregolari.
La funzione di unità di tempo locale, che consente di avere diverse unità di tempo in diversi pentagrammi, allo stesso tempo, è molto limitata. È possibile aggiungerne una solo alle misure vuote e solo se non ci sono parti collegate. Quando si aggiungono le note alle misure con le unità di tempo locali, è possibile inserire le note normalmente tramite la modalità di inserimento note, ma copia e incolla non funziona correttamente e può portare alla corruzione o addirittura al blocco. I comandi Dividi e Unisci battute sono disabilitati per quelle con unità di tempo locali.
con pentagramma standard e tablatura collegati se si inseriscono le note multiple degli accordi nel pentagramma standard ogni accordo dovrebbe essere 'costruito' inserendo le note dall'alto al basso, altrimenti i tasti assegnati alle note, nel pentagramma tablatura, potrebbero essere inattese
(Nota: non si applica a:
a) inserimento note direttamente nel pentagramma tablatura;
b) inserimento note in un pentagramma standard non collegato alla tablatura: in entrambi i casi l'ordine di inserimento è indifferente).
La modifica di uno strumento non implica la trasposizione, ma gli strumenti interessati potrebbero richiederlo, in questo caso è necessario utilizzare diversi pentagrammi e l'opzione "Nascondi pentagrammi vuoti". In realtà non vi è alcun cambiamento reale dello strumento ma solo un cambio di suono, quindi non solo la trasposizione non è presa in considerazione ma nemmeno l'estensione dello strumento, e il nome della parte rimane invariato.
La modifica dei valori nel mixer non rende lo spartito 'sporco'. Ciò significa che se si chiude una partitura non si riceve l'avviso "Salvare le modifiche dello spartito prima di chiudere?". I valori del mixer modificati non sono annullabili.
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