Hoewel alle leden van het ontwikkelingsteam hun best hebben gedaan om de software gebruiksvriendelijk en zonder fouten te maken, zijn er enkele bekende problemen en beperkingen in MuseScore 3.x.
De lokale maatsoortfunctie, waarmee je verschillende maatsoorten tegelijkertijd in verschillende notenbalken kunt hebben, is zeer beperkt. Je kunt alleen een lokale maatsoort toevoegen aan maten die leeg zijn en alleen als er geen gekoppelde partijen zijn. Wanneer je noten toevoegt aan maten met lokale maatsoorten, dan kun je noten normaal invoeren via de invoermodus voor noten, maar kopiëren en plakken werkt niet correct en kan leiden tot corruptie of zelfs crashes. De functies splitsen en samen voegen zijn uitgeschakeld voor maten met lokale maatsoorten.
De hergroepeer ritmes functie in het gereedschappen menu kan onbedoelde bijwerkingen hebben, waaronder het veranderen van de spelling van toonhoogtes en het verwijderen van enkele elementen zoals articulaties, glissandos, tremolos, siernoten en, met name bij ongedaan maken, overbindingen. Gebruik deze functie alleen waar nodig en bij beperkte selecties, zodat je kunt zien of er ongewenste wijzigingen zijn aangebracht.
Bij het invoeren van akkoorden met meerdere noten op een standaard notenbalk in een gekoppeld notenbalk/tablatuur systeem, moeten de noten worden ingevoerd in volgorde van de bovenste (eerste) snaar tot de onderste snaar om een correcte frettoewijzing te garanderen.
Deze beperking is niet van toepassing bij het rechtstreeks invoeren van noten in een tablatuur notenbalk of bij gebruik van een niet-gekoppeld notenbalk/tablatuur systeem.
Het wijzigen van instellingen in de mixer, behalve het geluid, markeert de partituur niet als 'aangepast'. Dat betekent dat als de partituur sluit, je mogelijk niet de waarschuwing 'Wijzigingen aan de partituur opslaan voor het sluiten?' krijgt. Het wijzigen van mixer waarden is ook niet ongedaan te maken.
Er is geen manier om kop- en voettekst op een WYSIWYG-manier te bewerken. De velden in Opmaak → Stijl → Koptekst, voettekst zijn gewone tekst. Ze kunnen "HTML-achtige" syntaxis bevatten, maar de tekststijl, opmaak, enz. kan niet worden bewerkt met een WYSIWYG-editor.