互換性について

hostms101さんこんにちは。
質問で明らかにしたい点は何でしょうか。

私もMusescoreの完全な理解をしているわけではないので何を持って互換というか正確にはわかりませんが、次の点は留意してもいいのではないかと思います。

１：　１．３と２で互換性はある。→全く互換性がないのなら読み込むこと自体ができません。
ちなみに、ハンドブックにも補足があるように、1.xからのアップグレード でいくつか機能追加・改善が行われた結果、完全な互換はない（部分互換のみ）ことが明記されています。
２：　２で改善された表現について、旧バージョンの表現が部分的に正確に読み込めない。（２→１．３は読み込めない）
この場合はMusicXMLを介してやりとりするとよいかもしれません。