PDFへの出力について

レイアウトの設定はどうなっていますか？

プリントの設定ということは、印刷でＰＤＦ出力をされているという予測で話を進めます。
MuseScoreは、印刷でＰＤＦ出力ではなく保存でＰＤＦ出力ができますので、そちらで対応できます。

まず、レイアウトの設定でＡ３設定にします。楽譜がきれいになるように比例尺を調整していきます。
これでいったんファイルを保存して、次に名前を付けて保存で、ファイルの種類にてＰＤＦを選択して
名前を付けて保存します。

確認するために保存したＰＤＦファイルを開いてみてください。