¿Qué hago mal?

Hola Rolando,
Vamos por partes con tus dudas.
1. El Saxofón Alto y la Armadura
Lo que mencionas sobre la armadura en el saxofón alto ocurre porque los saxofones son instrumentos transpositores, es decir, no están afinados en Do como el piano o la mayoría de las voces humanas. Por ejemplo: El saxofón alto está afinado en Mi bemol (Eb), por lo que una nota escrita como Do para él suena un Mi bemol en el piano.
Esto implica que su partitura tiene que ajustarse a la tonalidad correspondiente para que suene en armonía con los demás instrumentos.
En tu caso, la partitura que usas como modelo no es para saxofones sino para voces, que no son transpositoras.
La solución más sencilla para solucionar este problema es usar la función de "Afinación de concierto" en Musescore:
Activa la opción "Afinación de concierto", que encontrarás abajo a la derecha en el programa.
Con esta función activa, puedes escribir las notas tal como aparecen en tu partitura original.
Una vez que tengas todo transcrito, desactiva la opción de "Afinación de concierto". Musescore ajustará automáticamente las armaduras y notas para que cada saxofón toque las notas correctas según su afinación.
2. La Partitura que Estás Transcribiendo
Estás trabajando con una partitura para coro a cuatro voces:

Soprano, Alto, Tenor y Bajo. El "instrumento" llamado Bajos corresponde a la voz de los bajos en un coro, que es la voz más grave del grupo. No es un instrumento en sí, sino una línea escrita para cantantes. Si quieres adaptarla para saxofones, podrías asignar esta línea al saxofón barítono, ya que su registro es similar al de un bajo coral.