段はじめの縦線位置

メニューのスタイル→楽譜のスタイルを編集で設定します。
・音部記号等は先頭段だけにする場合は、左メニューのページを選択→「段全体の音部記号を作成」のチェックを外す→適用→OK。
・五線の左端を縦線で閉じたい場合は、左メニューの縦線を選択→「・・・始めの縦線を描画する」にチェックを付ける→適用→OK。

確認不足でした、確かにそうなりますね。
縦線を||:（リピート縦線）や||（2重縦線）を、グラフィックデータとして配置する事が出来ます。
添付ZIPファイル内に楽譜ファイルとグラフィックファイルが入ってます、楽譜ファイルには既に二段目左端の反復開始線と三段目左端の複縦線にグラフィックを配置して有ります。
メニューの「表示」から「非表示属性を見せる」にチェックを付けると、非表示に設定してある正規の反復開始線がグレーアウトで表示されます、正規の反復開始線が配置されているのでプレイバックにも反映されます、印刷時には非表示部分は印刷されません。
但し、正規の反復開始線が非表示配置されているので音符位置が右にズレます。

グラフィックの配置方法
楽譜の表示倍率を200%以上にする→グラフィックファイルを楽譜にドロップします→配置位置近辺までドラッグする→グラフィックをダブルクリックで編集モードにして大きさを五線に合わせる→ドラッグで位置調整する。
注：段の小節数が変更されてもグラフィック配置位置は移動しません、楽譜完成の最終段階でグラフィック配置を行って下さい。

調号の左余白の調整
二段目以降の調号とグラフィックが重ならないようにするには→メニューのスタイル→楽譜のスタイルを編集→左メニューの小節→右側の「調号の左余白」を変更する(添付ファイルは「2.00」に設定、初期値は「0.50」です)→適用→OK。但し、グラフィック配置が無い段の調号も右にズレます。

調号を一段目だけにするには、メニューのスタイル→楽譜のスタイルを編集→左メニューのページ→右側の「段全体の調号を作成」のチェックを外す→適用→OK。