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Ich glaube nicht, das es etwas mit r2l zu tun hat.
Sondern eher mit den, wie nennt sich das gleich, den Punkten und Strichen um den Buchstaben herum.
Im Anhang habe ich einen Screenshot des Takt 19 vom Original. In meiner veränderten Datei steht da nur ein אַל
und davor וְ
Bei der 1. Silbe וְ sind die Punkte dabei, Also das ו (Waw) + Zusatzzeichen, welches auch im XML so steht.
Bei der 2. Silbe im Takt steht im XML nur אַל, also ohne Punkte steht das Aleph א nur mit dem Unterstrich als UTF-8 Zeichen in der Lyrikzeile im XML. Die beiden Punkte habe ich nicht gefunden, die stehen vermutlich in der 5. Lyrikzeile und lösen das Problem aus. Sozusagen wie in Latin-1 ein Akzentzeichen ohne den dazugehörigen Buchstaben.
Als Bug sehe ich das nicht an. Eher als Bedienfehler mit Seiteneffekten.

Das Problem waren weder die hebräischen Buchstaben, noch das es von rechts nach links innerhalb der Silbe gelesen und geschrieben wird.
Das Problem war ein 'unvollständiger' Buchstabe in einer anderen Lyrikzeile.
Ich weiß jetzt nicht (mehr), wie man Buchstaben mit Artikulationszeichen eingibt. Ich glaube, erst gab man das Artikulationszeichen ein und danach den Buchstaben, an dem es erscheinen soll. Oder umgedreht.
In der Datei stand das Aleph אַ ohne den beiden Punkten da. Und die wurden dann höchstwahrscheinlich in einer 5. Lyrikzeile eingegeben und mit der Maus zum Aleph hochgeschoben. Das bedeutet, das die Punkte keinem Zeichen zugeordnet waren und dadurch für Verwirrung im Programm geführt haben.
Wenn ich mich nicht täusche, waren die sogar auf der falschen Seite angeordnet (habe von hebräisch keine Ahnung), aber wenn es ein Chataph-Patach sein sollte, dann wäre es wohl so אֲ .
siehe: https://de.wikipedia.org/wiki/Hebr%C3%A4isches_Alphabet#Masoretische_Vo…
Da sind wohl echte UTF-8. Die machen dann auch keine Probleme (solang Du UTF-8 verwendest, was seit Jahren in Linux voreingestellt ist).

Edit: Du sölltest das אֲ von hier kopieren und das אַ in der Datei von mir durch dieses Zeichen אֲ ersetzen. Dann ist der Text auch wieder in Ordnung.